1、臭氧杀菌法;在清洗的时候将净水机中剩余的水全部排出，将消毒机的接口和净水器的入水口对接，通过输入臭氧，在净水器的内胆中经过20分钟左右的熏蒸，在加入水，放出少量的水，臭氧在几个小时就会分解为氧气、水和二氧化碳，对人体无害，经过用臭氧处理过的净水机，就可以保障内部的卫生了，通常1-2小时人们就可以喝上干净无公害的水了。
2、药片、消毒剂清洗法;这种方法是可以在家中自行进行的，购买了去污泡腾片或专用消毒剂，溶解在水中形成消毒液，然后在讲净水机中剩余的水排出，用消毒液擦洗净水器的各部位，其他的消毒液灌入内胆，一般15-20分钟，打开净水器的开关和排污管，排尽消毒液，再使用7、8升左右的清水冲洗净水机的内胆，在冲洗过程中一定要冲洗干净以免留下残留，在溶解药片形成消毒液时一定要按照药物说明进行。
3、加压过滤法;这种方法通过专业家用净水器清洗机械来进行，将清洗机的两端分别接到净水器的入水口，和净水器下部的排水口，这样就形成一个闭环循环，然后加入专用消毒清洗剂。利用清洗机械的循环压力，可以充分达到清洗，然后通过机械压力可以水质或者是水垢完全排出。